口腔微生物學是對口腔微生物（微生物群）及其在口腔微生物之間或與宿主之間相互作用的研究。人口中存在的環境適合在那里發現的特征性微生物的生長。它提供了水和養分的來源，以及適中的溫度。口腔中的微生物附著在牙齒和牙齦上，以抵抗從口腔到胃部的機械沖洗，而鹽酸會破壞酸敏感性微生物。

在口腔中的厭氧細菌包括：放線菌、Arachnia（丙酸propionicus）、擬桿菌屬、雙歧桿菌、真桿菌、梭桿菌、乳桿菌、纖毛、消化球菌、消化鏈球菌、丙酸桿菌、月形、密螺旋體屬和韋榮球菌。屬真菌的那些在口腔經常發現包括念珠菌、枝孢菌、曲霉、鐮刀菌、鏈球菌、青霉菌和隱球菌等。細菌在生物膜的硬和軟口腔組織中均積累。細菌粘附對于口腔細菌特別重要。

口腔細菌已進化出機制來感知其環境并逃避或修飾宿主。細菌占據著牙齒表面和牙齦上皮所提供的生態位。但是，高效的先天宿主防御系統會不斷xxx細菌定植，并防止細菌入侵局部組織。牙菌斑細菌與先天宿主防御系統之間存在動態平衡。特別令人感興趣的是口腔微生物在兩種主要的牙齒疾病中的作用：齲齒和牙周疾病。此外，研究還表明口腔健康狀況不佳與口腔微生物群入侵人體影響心臟健康以及認知功能的能力有關。

口腔微生物組主要包含對人類免疫系統產生抗藥性的細菌，眾所周知，它會因自身利益而對宿主產生影響，如蛀牙所見。人口中存在的環境允許在那里發現的特征性微生物生長。它提供了水和養分的來源，以及適中的溫度。口腔中的微生物附著在牙齒和牙齦上，以抵抗從口腔到胃部的機械沖洗，而鹽酸會破壞酸敏感性微生物。

在口腔中的厭氧細菌包括：放線菌、Arachnia、擬桿菌屬、雙歧桿菌、真桿菌、梭桿菌、乳桿菌、纖毛、消化球菌、消化鏈球菌、丙酸桿菌、月形、密螺旋體屬和韋榮球菌。此外，口腔中還發現了許多真菌，包括：念珠菌、枝孢菌、曲霉、鐮刀菌。新生嬰兒的口腔不含細菌，但很快被細菌如唾液鏈球菌定殖。隨著變形鏈球菌和血紅鏈球菌在xxx年的定居而出現牙齒，因為這些生物定居在牙齒表面和牙齦。其他鏈球菌菌株可牢固地粘附在牙齦和臉頰上，但不能粘附在牙齒上的齦縫（支撐牙齒的結構）區提供用于各種厭氧物種的棲息地。擬桿菌和螺旋體在青春期附近定居。特別令人感興趣的是口腔微生物在兩種主要的牙齒疾病中的作用：齲齒和牙周疾病。

口腔微生物組的棲息地本質上是口腔內部的表面。唾液在影響口腔微生物組中起重要作用。超過800種細菌定居在口腔粘液中，在牙齦縫隙中發現了1,300種，而牙菌斑中則有近1,000種。口腔是數百種細菌的豐富環境，因為唾液主要是水，并且每天都有大量營養物質通過口腔。接吻時，唾液的傳遞僅需10秒即可交換不低于8000萬細菌。但是，這種效果是短暫的，因為每個人都會迅速恢復到自己的平衡狀態。^[

由于分子生物學技術的進步，人們對口腔生態學的科學認識也在不斷提高。口腔生態學正在得到更全面的規劃，包括舌頭、牙齒、牙齦、唾液腺等，這些是不同微生物群落的所在地。

宿主的免疫系統控制口腔中細菌的定居，并防止組織局部感染。牙菌斑的細菌與宿主的免疫系統之間尤其存在動態平衡，當其他生物膜被沖走時，牙菌斑可以留在口腔中。

在平衡狀態下，口腔中糖分發酵產生的細菌生物膜會被唾液迅速清除，除了牙菌斑。在平衡不平衡的情況下，口腔微生物會失控生長，并引起口腔疾病，例如蛀牙和牙周疾病。幾項研究還將口腔衛生不良與致病菌感染聯系起來。

為了防止口腔微生物組的發病或口腔疾病，需要保留許多口腔健康因素。牙菌斑是粘附在牙齒上的物質，由細菌細胞（主要是變形鏈球菌和血鏈球菌）、唾液聚合物和細菌細胞外產物組成。牙菌斑是牙齒表面的生物膜。微生物的這種積累使牙齒和牙齦組織受到高濃度細菌代謝產物的污染，從而導致牙齒疾病。如果不注意，通過刷牙或用牙線清潔牙菌斑，牙垢會變成牙垢（變硬的形式）并導致牙齦炎或牙周疾病。就蛀牙而言，變形鏈球菌參與牙齒定植的蛋白質可以產生抑制致齲過程的抗體，可用于制造疫苗。已發現細菌性陰道病女性通常存在與口腔微生物群有關的細菌。被在口中經常發現的真菌包括的屬念珠菌、枝孢屬、曲霉屬、鐮孢屬、球囊霉屬、鏈格孢、青霉和隱球菌等。此外，研究還與不良的口腔健康和口腔微生物群入侵人體影響心臟健康以及認知功能的能力相關。口腔病原體彎曲桿菌、細小腸彎曲菌和黑色素生成桿菌的高水平循環抗體與人類高血壓有關。